Uma equipe internacional liderada por cientistas do Museu Koenig em Bonn (Leibniz Institute for the Analysis of Biodiversity Change) testou pela primeira vez com sucesso um conjunto universal de genes para a caracterização sistemática...
Resolução filogenética de metazoários USCOs. (a) Árvore calculada com verossimilhança máxima de USCOs de metazoários concatenados para todos os casos de estudo (A3; todos os nucleotídeos); ramos de táxons de referência não são rotulados. (b–j) árvores metazoárias USCO (preto) obtidas da análise ASTRAL de metazoários USCOs (A2) de casos de estudo individuais em comparação com a árvore de benchmarking COI (azul). Casos de estudo: Discoglossus (b), Rana (c), Stygopholcus (d), Lithobius (e), Taygetis (f), Sphaerophoria (g), Chrysis (h), Pteromalus (i) e Pleophylla (j). Morfoespécies indicadas por símbolos coloridos. Pt. brachygaster sp2 (quadrado azul) não rendeu sequências para COI. Crédito: Métodos em Ecologia e Evolução (2022). DOI: 10.1111/2041-210X.14041
Uma equipe internacional liderada por cientistas do Museu Koenig em Bonn (Leibniz Institute for the Analysis of Biodiversity Change) testou pela primeira vez com sucesso um conjunto universal de genes para a caracterização sistemática de diferentes espécies animais. Seu trabalho foi publicado em Methods in Ecology and Evolution .
Muitos dos métodos usados ??até agora para o registro molecular da biodiversidade ainda são muitas vezes falhos porque usam apenas um marcador genético , que muitas vezes não reflete corretamente as espécies e os padrões genéticos no nível genômico.
Outras análises baseadas em dados genômicos não são adequadas para pesquisas abrangentes sobre biodiversidade porque não são universais o suficiente e muitas vezes não são muito sustentáveis ??porque são baseadas em dados que não podem ser combinados com os resultados de outros estudos.
O conjunto de genes testado, mais precisamente chamado de "ortólogos universais de cópia única em nível de metazoário" (metazoan USCOs), compreende várias centenas de genes nucleares e pode ser usado para todos os animais multicelulares. O método ofusca claramente o código de barras do DNA, que é a abordagem atualmente convencionalmente usada para identificação de espécies e amplamente utilizada no monitoramento ecológico.
Até agora, os USCOs têm sido usados ??para verificar a integridade e a qualidade do sequenciamento do genoma. O grupo de trabalho liderado por Dirk Ahrens, pesquisador de besouros e curador de coleção do Museu Koenig, agora usou com sucesso esse método pela primeira vez para separar espécies crípticas que eram indistinguíveis com códigos de barras de DNA convencionais.
O método foi testado em aranhas, centopéias, sapos, besouros, moscas, pequenas vespas parasitas e borboletas. Esses novos marcadores USCO podem ser obtidos tanto por sequenciamento direcionado quanto por extração de dados do genoma já publicados e disponíveis em bancos de dados. Isso torna a nova abordagem sustentável e bem-sucedida.
Embora atualmente mais caro do que o código de barras genético convencional, os autores propõem USCOs de metazoários principalmente como o método adicional de escolha para os casos mais complicados. Existem alguns deles, especialmente porque a ciência ainda não está nem perto de concordar sobre quantas espécies agora habitam a Terra; as estimativas variam entre 2 milhões e 2 bilhões de espécies.
Mais informações: Lars Dietz et al, Marcadores nucleares padronizados melhoram e homogeneizam a delimitação de espécies em Metazoa, Methods in Ecology and Evolution (2022). DOI: 10.1111/2041-210X.14041
Informações da revista: Métodos em Ecologia e Evolução