Usando MPRA para determinar ligações entre variantes genanãticas e fena³tipos humanos
Em seu artigo publicado na revista Science , o grupo descreve como eles aplicaram um ensaio de repa³rter massivamente paralelo (MPRA) a certas partes do genoma humano para procurar ligaa§aµes entre variantes genanãticas e certos fena³tipos humanos.
Domanio paºblico
Uma equipe de pesquisadores da Universidade de Stanford encontrou um subconjunto significativo de locais reguladores independentes de alelos que possuem maºltiplas variantes causais no desequilabrio de ligação. Em seu artigo publicado na revista Science , o grupo descreve como eles aplicaram um ensaio de repa³rter massivamente paralelo (MPRA) a certas partes do genoma humano para procurar ligações entre variantes genanãticas e certos fena³tipos humanos.
Os cientistas estudam o genoma humano hámuitos anos procurando as variantes (erros) que levam a certas doenças genanãticas, como a esclerose maºltipla . Ao fazaª-lo, eles descobriram que, em muitos casos, não éapenas um gene que deu errado, mas uma combinação de genes. Para determinar quais genes podem estar ligados a uma determinada doena§a, os cientistas desenvolveram estudos de associação de todo o genoma. E embora esses estudos tenham sido frutaferos, eles não levaram a um meio de rastrear todas as variantes responsa¡veis ​​por uma determinada doena§a.
Como parte desse trabalho, os cientistas passaram a definir certos grupos ou regiaµes em um genoma que podem ser estatisticamente associados a um determinado fena³tipo. Mapear esses loci de caracteristicas quantitativas (QTL) para variantes genanãticas causais permaneceu um problema difacil devido ao espaa§amento apertado em tais regiaµes. Para saber mais sobre possaveis ligações entre variantes e fena³tipos, os pesquisadores neste novo esfora§o aplicaram um MPRA ao problema.
MPRAs são ferramentas de análise genanãtica denívelmolecular que foram desenvolvidas para rastrear milhares de sequaªncias genanãticas e suas variantes em um aºnico estudo. Os pesquisadores descobriram que aproximadamente 17,7% dos locais reguladores independentes de alelos que eles analisaram tinham mais de uma única variante causal. Eles também descobriram que esses efeitos variantes eram muitas vezes mais fracos do que pesquisas anteriores sugeriram que seriam - uma descoberta que sugere que os fundamentos de um determinado fena³tipo podem ser devidos a várias variantes genanãticas causais ligadas. Os pesquisadores também usaram dados do MPRA para reduzir o número de variantes causais que provavelmente contribuem para uma sanãrie de doenças humanas, como IBF, esclerose maºltipla e asma. Eles concluem sugerindo que seu trabalho e outros estudos semelhantes também estãoajudando a encontrar variantes mais raras.